Les interventions du FIE sont régies par des principes directeurs. Ils se résument à :
- la cohérence avec les conventions internationales ;
- la cohérence avec les priorités définies par les politiques et programmes en matière d’environnement et de lutte contre la pauvreté ;
- la bonne gouvernance ;
- l’équité dans l’accès aux financements, notamment entre les hommes et les femmes ;
- le renforcement des capacités des acteurs ;
- la prise en compte des groupes vulnérables.